KERAGAMAN GENETIK INTRASPESIES FUSARIUM OXYSPORUM sp., PADA PRIMER TRANSLATIONS ELONGATION FACTOR 1 alpha (TEF 1-α)

DIVIA, IKA NINGRUM (2024) KERAGAMAN GENETIK INTRASPESIES FUSARIUM OXYSPORUM sp., PADA PRIMER TRANSLATIONS ELONGATION FACTOR 1 alpha (TEF 1-α). Diploma thesis, UIN RADEN INTAN LAMPUNG.

	PDF Download (4MB)
	PDF Restricted to Repository staff only Download (4MB)

Abstract

ABSTRAK Fusarium merupakan genus jamur yang memiliki keragaman karakteristik ekologi, mulai dari saprotrof hingga penghasil mikotoksin dan fitopatogen, serta agen biokontrol dan patogen oportunisnik pada manusia. Keanekaragaman genetik dalam Fusarium tinggi, dan beberapa morfospesies terbukti mewakili kompleks spesies. Genus Fusarium terdiri dari sejumlah besar jamur patogen terkenal dengan dampak ekonomi yang signifikan pada tanaman yang menyebabkan penyakit pada beberapa tanaman pertanian penting, manusia dan hewan. Identifikasi spesies jamur seringkali sulit dilakukan menggunakan metode konfensional, karena kurangnya karakter morfologi dan biokimia yang berbeda atau tidak adanya reproduksi seksual. Identifikasi yang cepat dan akurat sangat penting dalam diagnosis klinis, investigasi wabah, atau studi epidemiologi. Untuk mengatasi kesulitan dalam identifikasi ini, banyak molekuler telah dikembangkan selama 20 tahun terakhir, contohnya berupa pengurutan DNA. Banyak lokus genetik telah dievaluasi sebagai barcode untuk jamur, dengan tingkat keberhasilan yang bervariasi salah satunya yaitu translations elongation faktor 1-alpha (TEF 1-α). Gen TEF 1-α digunakan dalam penelitian bahwa gen tersebut terdapat dalam satu salinan Fusarium, yang memungkinkan perbandingan kuantitatif antar spesies. Penelitian ini menggunakan gen TEF 1-α karena dianggap sebagai gen rumah tangga dengan polimorfisme sekuens yang lebih tinggi dan lebih banyak digunakan untuk merancang penanda dan probel spesifik untuk identifikasi, kuantifikasi populasi pathogen spesies Fusarium. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian kualitatif. Hasil penelitian dengan mengkontruksi pohon filogenetik menggunakan softwere MEGA11 dan Gen Bank pada primer translations elongation factor 1-alpha (TEF 1- α) bahwa intraspesies Fusarium oxysporum sp., berdasarkan letak cabang dan nilai bootstrap, kekerabatan terdekat dimiliki oleh Fusarium oxysporum f.sp. passiflorae dan Fusarium oxysporum f.sp. aechmeae dengan nilai bootstrap 98. Kata kunci : Keragaman genetik intraspesies Fusarium oxysporum sp., dan primer translations elongation factor 1-alpha (TEF 1- α). iv ABSTRACT Fusarium is a genus of fungi that has a diversity of ecological characteristics, ranging from saprotrophs to producers of mycotoxins and phytopathogens, as well as biocontrol agents and opportunistic pathogens in humans. Genetic diversity within Fusarium is high, and several morphospecies have been shown to represent species complexes. The genus Fusarium comprises a large number of well�known fungal pathogens with significant economic impact on crops causing diseases in several important agricultural crops, humans and animals. Identification of fungal species is often difficult using conventional methods, due to the lack of distinct morphological and biochemical characters or the absence of sexual reproduction. Rapid and accurate identification is essential in clinical diagnosis, outbreak investigations, or epidemiological studies. To overcome these difficulties in identification, many molecules have been developed over the last 20 years, for example DNA sequencing. Many genetic loci have been evaluated as barcodes for fungi, with varying degrees of success, one of which is translation elongation factor 1-alpha (TEF 1-α). The TEF 1-α gene was used in the study in that it is present in a single copy of Fusarium, allowing quantitative comparisons between species. This study uses the TEF 1-α gene because it is considered a housekeeping gene with higher sequence polymorphism and is more widely used to design specific markers and probes for identification and quantification of pathogenic populations of Fusarium species. The type of research used is qualitative research. The results of research by constructing a phylogenetic tree using MEGA11 and Gen Bank software on the primer translations elongation factor 1-alpha (TEF 1- α) show that the intraspecies Fusarium oxysporum sp., based on branch location and bootstrap values, has the closest relationship to Fusarium oxysporum f.sp. passiflorae and Fusarium oxysporum f.sp. aechmeae with a bootstrap value of 98. Keyword: Intraspecies genetic diversity of Fusarium oxysporum sp., and primary translation elongation factor 1-alpha (EF 1- α).

Actions (login required)

View Item